十二生肖的排序确定方式主要有以下几种说法：
根据动物习性与活动时间：中国古代学者从昼夜十二时辰的角度解说地支和肖兽的配属关系。子时（23点至1点），老鼠趁夜深人静频繁活动，将天地间的混沌状态咬出缝隙，即“鼠咬天开”，所以子属鼠；丑时（1点至3点），牛习惯夜间吃草，农家常在深夜起来挑灯喂牛，且牛是辟地之物，所以丑属牛；寅时（3点至5点），此时老虎最活跃、最凶猛，伤人最多，所以寅属虎。以此类推，卯时（5点至7点）属兔，辰时（7点至9点）属龙，巳时（9点至11点）属蛇，午时（11点至13点）属马，未时（13点至15点）属羊，申时（15点至17点）属猴，酉时（17点至19点）属鸡，戌时（19点至21点）属狗，亥时（21点至23点）属猪。
按照动物足趾奇偶：宋人洪巽根据动物足趾的奇偶参差将十二种动物分为阴阳两类，明代学者郎瑛在其基础上进行了归类。他在《七修类稿·十二生肖》中提出“地支在下”，因此别阴阳当看足趾数目。鼠前足四爪，为偶数，属阴；后足五爪，为奇数，属阳。子时的前半部分为昨夜之阴，后半部分为今日之阳，正好用鼠来象征子。牛、羊、猪蹄分，鸡四爪，再加上兔缺唇且四爪，蛇舌分，六者均应合偶数，属阴，占了六项地支。虎五爪，猴、狗也五爪，马蹄圆而不分，六者均为奇数，属阳，连同属阳的鼠，占了另外六项地支。
依据民间传说：传说轩辕黄帝要选十二种动物担任宫廷卫士，原本推牛为首，老鼠却蹿到牛背上，猪也跟着起哄，于是老鼠排第一，猪排最后。虎和龙不服，被封为山中之王和海中之王，却排在鼠和牛的后面。兔子又不服，和龙赛跑，结果排在了龙的前面。狗又不平，一气之下咬了兔子，为此被罚在了倒数第二。蛇、马、羊、猴、鸡也经过一番较量，一一排定了位置，最后形成了鼠、牛、虎、兔、龙、蛇、马、羊、猴、鸡、狗、猪的顺序。